gdc-client

引言

之前一直用别的方法下载数据，这次使用了gdc-client命令行去下载GDC上TCGA driver gene mutation的一批数据。

这是我本次要下载的数据

点击数据下载地址发现出现如下界面，其中id就是使用gdc-client下载的文件对应的id

对于Open access data，使用这两种方法下载

下载了MAC的Client版本

解压下载的文件，如果双击会发现出现erro：

且常规的对~/.bash_profile文件添加环境变量也不可以，正确做法是：

./gdc-client #(to verify that program works)
cp -pi ./gdc-client /usr/local/bin #(if this does not work)
sudo cp -pi ./gdc-client /usr/local/bin

在任何路径都可以打开。

gdc-client download id

将含有多个文件的id和名字等信息的页面存储为txt，download加上-m，进行批量下载。

gdc-client download -m ./PanCan-Driver_Open_GDC-Manifest.txt

对于需要使用token的数据，使用如下代码：

gdc-client download -m gdc_manifest_e24fac38d3b19f67facb74d3efa746e08b0c82c2.txt -t gdc-user-token.2015-06-17T09-10-02-04-00.txt

保护token：

chmod 600 gdc-user-token.2015-06-17T09-10-02-04-00.txt

下载最新的数据，加上--latest：

gdc-client download 426de656-7e34-4a49-b87e-6e2563fa3cdd --latest -t gdc-user-token.2018.txt

wget https://gdc.cancer.gov/files/public/file/gdc-client_v1.6.1_Ubuntu_x64.zip
unzip gdc-client_v1.6.1