前言
最近需要对TCGA和PCAWG的表达数据进行免疫浸润水平分析，使用了R包immunedeconv,其中TCGA已经有文献的supplement给出了不同免疫浸润工具进行分析的结果，PCAWG需要自己手动分析，其中CIBERSORT在immunedeconv包中运行需要两个文件：LM22.txt，CIBERSORT.R，需要在官网：https://cibersortx.stanford.edu/ 进行申请。
上传数据
- mixture file
官网上会列出上传数据的要求，我上传了PCAWG的基因表达counts矩阵，数据的第一列是genesymbol的名称，而且第一列的列名需要加上：“GeneSymbol”，数据的第一行是样本的名称。
注意上传数据的时候，需要勾选自己上传的数据属于哪种类型，否则在分析数据中无法选择到自己上传的数据。
进行分析
选择cell fraction的custom，得到免疫浸润细胞比例结果，选择custom分析自己的数据。
勾选LM22作为参考matrix，选择自己上传的matrix作为mixture matrix，需要比较样本间时记住勾选abs。
运行过程中，可以看到报错信息和输出信息。
